L'Église JOH se met au service de la diffusion et de l'approfondissement du christianisme biblique. Elle s'efforce d'exercer son activité missionnaire en respectant le travail des autres chrétiens dans un esprit de complémentarité. L'Église JOH tente d'atteindre cet objectif par : la proclamation et la mise en œuvre de l'Évangile, la promotion de la vie spirituelle de ses membres et amis ainsi que la consolidation de la communauté entre les croyants ; la création, la promotion et le soutien de groupes JOH dans les différents cantons de Suisse ; le soutien et la promotion des œuvres de mission intérieure et extérieure. L'Église JOH ne poursuit pas d'objectifs économiques. Cependant, elle peut acquérir ou louer des biens immobiliers ou des locaux qui servent à l'exercice et à la promotion des tâches d'un groupe JOH individuel ou de l'ensemble de l'association.