L'activité principale de l'entreprise PhenoSystems SA consiste à développer des solutions logicielles pour la génétique moléculaire et la génomique, en particulier pour l'analyse des séquences d'ADN et d'ARN. Les produits logiciels sont utilisés pour des applications diagnostiques dans les domaines des maladies infectieuses, des troubles génétiques rares et du cancer, ainsi que pour l'élevage et le diagnostic en médecine vétérinaire. L'entreprise développe également des outils pour l'interprétation des variants génétiques et la prédiction des risques de maladie, afin de permettre la médecine personnalisée.