Universitäts-Kinderspital Zürich - Eleonorenstiftung est une institution privée à but non lucratif qui est la titulaire légale de l'hôpital pour enfants. La fondation surveille les finances, examine les comptes annuels, approuve les budgets et les investissements importants, mène des activités de collecte de fonds pour soutenir des prestations non financées par d'autres sources et collabore étroitement avec la direction de l'hôpital; elle a par ailleurs réalisé le projet du nouveau bâtiment.