L'attività principale della Fondation Ernest Boninchi consiste nell'assegnazione di borse di studio e sovvenzioni per promuovere l'istruzione e la ricerca. In concreto, ciò include:
* L'assegnazione di borse (borse di studio) a persone con cittadinanza svizzera che hanno completato la loro formazione a Ginevra per sostenere la loro crescita professionale.
* L'assegnazione di sovvenzioni (borse di studio per la ricerca) per finanziare studi scientifici, ricerche o l'attrezzatura di laboratori.
* L'assegnazione di borse di mobilità agli studenti dell'Università di Ginevra per promuovere la loro mobilità accademica e consentire soggiorni all'estero.
La Fondation utilizza i proventi del patrimonio di Ernest Boninchi per finanziare queste attività e onorare così l'eredità del fondatore.