L'attività principale della WEEPI Foundation consiste nel promuovere progetti di ricerca e misure per migliorare l'assistenza sanitaria per l'HIV, l'epatite virale e la tubercolosi, in particolare in Europa orientale. Ciò include il finanziamento di progetti di ricerca, il sostegno alle misure di rafforzamento delle capacità e la promozione di partenariati tra strutture sanitarie. La fondazione si concentra sul miglioramento della qualità dell'assistenza sanitaria, sulla riduzione delle barriere per la diagnosi e il trattamento e sulla generazione di prove per nuovi approcci nell'assistenza sanitaria.