L'association a pour but de renforcer et d'unir les baptistes sur la base de leur témoignage chrétien et de leurs convictions de foi particulières, de les encourager dans leur vie de foi, de promouvoir la communauté et la responsabilité partagée et de chercher à réaliser la volonté de Jésus-Christ, le Seigneur et le Sauveur, dans toutes ses entreprises. L'association est membre de l'Alliance baptiste mondiale. Elle promeut ses intérêts et soutient ses objectifs. L'EBF est en relation avec le Centre international d'études théologiques baptistes, dont le siège est à Amsterdam, qui constitue une association distincte sous la législation néerlandaise. L'EBF détient les investissements pour l'exploitation de l'IBTSC (Amsterdam), qui sont gérés par l'association Baptistische Theologische Hochschule, dont le siège est à Rüschlikon ZH.