L'activité principale de la Fondazione Sir John Eccles consiste à promouvoir les études et les recherches scientifiques et philosophiques dans le domaine de la neurobiologie, en particulier en ce qui concerne la relation entre le cerveau et la conscience. La fondation organise des événements, des conférences, des symposiums et des programmes de recherche pour favoriser le dialogue entre les scientifiques, les philosophes et les experts de différentes disciplines. Elle soutient également la publication des résultats de recherche et l'organisation d'événements culturels pour informer le public des derniers développements dans ce domaine.