L'attività principale della Fondazione Sir John Eccles consiste nel promuovere studi e ricerche scientifiche e filosofiche nel campo della neurobiologia, in particolare con riferimento alla relazione tra cervello e coscienza. La fondazione organizza eventi, conferenze, simposi e programmi di ricerca per favorire il dialogo tra scienziati, filosofi ed esperti di diverse discipline. Sostiene inoltre la pubblicazione dei risultati della ricerca e l'organizzazione di eventi culturali per informare il pubblico sui più recenti sviluppi in questo campo.