L'attività principale della Fondazione ProTerapia consiste nel promuovere e sostenere le terapie assistite da animali in Svizzera, in particolare per bambini, adolescenti e adulti affetti da disturbi psichiatrici, nonché per persone con disabilità cognitive. Ciò include il sostegno a progetti, la ristrutturazione di centri di terapia, l'acquisizione di fondi per la manutenzione di fattorie di pony e la promozione di studi scientifici per il riconoscimento delle terapie assistite da animali da parte delle assicurazioni sanitarie e degli uffici dell'AI.