Dans le but de vivre selon le mot d'ordre d'Emmaüs « Aider d'abord les plus pauvres », l'organisation se fixe pour objectif d'aider les malades de la lèpre et de combattre la maladie partout où elle se manifeste, dans les domaines médical, scientifique, social et humanitaire ; à cette fin, elle peut créer ses propres projets, soutenir les projets existants et employer du personnel médical ou paramédical ainsi que des volontaires, collaborer avec toute autre institution nationale ou internationale poursuivant les mêmes objectifs ; de même, elle peut également se consacrer à la lutte contre la tuberculose et d'autres maladies reconnues comme nécessitant un traitement urgent.